Passo 1
Acesse o servidor via SSH

ATENÇÃO. Por padrão a conexão via ssh acessar o diretório raiz, se você quiser criar pastas dentro do diretório www por exemplo, utilize o comando cd www para acessar o diretório www e depois digite o comando para criação da pasta.
Passo 2
digite mkdir nomedapastadesejada e pressione enter
ATENÇÃO. Por padrão a conexão via ssh acessar o diretório raiz, se você quiser criar pastas dentro do diretório www por exemplo, utilize o comando cd www para acessar o diretório www e depois digite o comando para criação da pasta.