POP3 ou IMAP, qual protocolo utilizar?

Isso depende de sua preferência. Abaixo seguem as características de cada protocolo:

POP3: Baixa todas as mensagens (completas) de sua caixa de entrada para seu computador. As mensagens no servidor sempre são apagadas após serem baixadas. Por baixar as mensagens completas, é mais suscetível a erros. Não é possível qualquer pasta que não seja a Inbox.

IMAP: Copia para seu computador apenas um cabeçalho de cada mensagem. Ao acessar cada cabeçalho a mensagem é copiada para seu computador. As mensagens são mantidas no servidor. Portanto, permite que você acesse seus e-mails através de seu gerenciador de e-mail em vários computadores e pelo webmail ao mesmo tempo. Todas as pastas do webmail podem ser acessadas.